巴氏奶和常温奶属于两种不同类型的牛奶，其区别在于杀菌工艺不同。巴氏奶采用的是巴氏杀菌法，杀菌温度低于100℃，属于低温灭菌法。经过巴氏杀菌后，牛奶中仍保留了部分无害或者有益菌及细菌芽孢，因此巴氏奶需要在4℃左右的低温下保存，保质期较短。常温奶则采用135℃到150℃的超高温杀菌，杀菌较为彻底，因此保质期长，不需要低温保存，无论是巴氏奶还是常温奶，只要在保质期内，都是安全的。从营养上来说，两者的营养素含量并没有明显的差异，都是非常好的蛋白质和钙来源。
鲜奶和常温奶最大的不同就是杀菌方式不一样。
刚挤出来的牛奶有可能携带细菌，不能直接饮用，都需要杀菌。目前，牛奶的杀菌方式通常有3种：一是低温巴氏杀菌法，即牛奶被加热到63℃至65℃并维持30分钟;二是高温短时巴氏杀菌法，杀菌条件为72℃至76℃维持15秒(或80℃至85℃维持10至15秒);三是超高温瞬时杀菌法，在132℃杀菌2至4秒。
前两种方法都称作“巴氏杀菌”，生产出的牛奶就是巴氏奶，俗称“鲜奶”。第三种方法则简称为“超高温杀菌”(UHT)，它能彻底消灭牛奶中的有害细菌，因而根本不需要加防腐剂，就能在密封包装后常温储存半年以上，因此被称为“常温奶”。而生产鲜奶的杀菌温度低，可以杀死牛奶中绝大多数致病菌，保证残余微生物的数量低于处理前的十万分之一。但仍存有一些微生物，当温度升高时，它们就会疯狂繁殖。因此，鲜奶在整个运输和储存过程中，必须保持低温冷链，且保质期短。
诚然，“巴氏杀菌”温度低，鲜奶中的一些营养会破坏得更少，但是，牛奶的营养优势在于提供优质蛋白质和钙，这两种成分几乎不受高温影响。加热仅导致牛奶中的维生素流失，但损失程度很小。有研究分析了原奶、鲜奶、常温奶及再制奶(复原奶)的营养成分后发现，这几种奶中最主要的两种营养素——蛋白质和钙含量并没有明显差异;其他营养素有差别，但差异也不大。
还有人说，“高温会导致牛奶中的蛋白质变性”，这就属于以讹传讹了。我们食用的任何一种熟食，其蛋白质都经过了充分的加热变性，比如鸡蛋、肉和豆制品。而且，即使不加热，这些蛋白质食物从进入口腔开始，就要被人体自身的消化液给变性，分解成氨基酸才能被人体吸收。因此，根本不用害怕蛋白质变性。
总而言之，鲜奶、常温奶在营养方面的差异不大。那么，对消费者来说，到底选常温奶还是鲜奶呢?
其实，在日常选购食品时，不能仅仅考虑“营养”，还需要综合考虑价格、安全性和便利性等问题。
比如，鲜奶从奶场到餐桌的整个流程中需要全程冷链，这在不产奶地区，尤其是人口居住比较分散的农村地区，实现起来难度很大，成本也高得多。而且，一旦有些环节不能保障冷链，安全性就无法保障。而在这方面，常温奶就具有优势：它们不需要严格冷链也能较长时间保存。
因此，日常选择牛奶时，为消费者送上两条建议：一是如果在可以保障全程冷链配送的地区，推荐购买鲜奶。比如有些小区每天有专人配送鲜奶到家，并可以在保质期内放冰箱保存。二是无法保障冷链条件或外出时，建议选择常温奶，携带方便，还不用冷藏，确保饮用安全。
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